Ο ΑΕΣ Μουζακίου διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο εκλέγεται από τη Γενική Συνέλευση των μελών του Συνεταιρισμού κάθε 4 χρόνια. Η Γενική Συνέλευση αποτελεί και το ανώτατο όργανο διοίκησης του Συνεταιρισμού.
Το επικαιροποιημένο καταστατικό του Συνεταιρισμού (συντεταγμένο με τις διατάξεις του ν. 4384/2016) εγκρίθηκε με την υπ’ αριθμό 15/24.4.2017 απόφαση του Ειρηνοδικείου Πλαταμώδους που εδρεύει στους Γαργαλιάνους Μεσσηνίας.
Ο Συνεταιρισμός συνεργάζεται σταθερά με εξωτερικό λογιστήριο το οποίο αναλαμβάνει τον έλεγχο και την πιστοποίηση των οικονομικών στοιχείων ήτοι ισολογισμών, καθαρής θέσης κλπ.
Ο ΑΕΣ Μουζακίου είναι εγγεγραμμένος στο Εθνικό Μητρώο Αγροτικών Συνεταιρισμών (ΕΜΑΣ) με αριθ. Μητρώου 1005020.
Με βάσει τις τελευταίες εκλογές του συνεταιρισμού (υπ’ Αριθ. 22/11.10.2020 αρχαιρεσίες Γενικής Συνέλευσης και της υπ΄ αριθ. 724/13.10.20, κατανομής αξιωμάτων) το Δ.Σ απαρτίζεται από τους:
To Δ.Σ. του συνεταιρισμού απαρτίζεται από τους:
– Πρόεδρος: Στυλιανόπουλος Κωνσταντίνος του Σταύρου
– Aντιπρόεδρος: Πατρινέλης Γεώργιος του Δημητρίου
– Γραμματέας: Νικολακόπουλος Γεώργιος του Δημητρίου
– Ταμίας: Νικολακόπουλος Δημήτριος του Θεοδώρου
– Μέλος: Λαμπρόπουλος Θεόδωρος του Λάμπρου